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DNA超长片段测序试剂盒 V14
SQK-ULK114

本试剂盒提供了一种为超高分子量DNA隔夜制备文库的方法,用于超长片段测序 (N50 >50 kb)。

本品为一款早期试用产品

本试剂盒采用我们最新推出的试剂盒14系列试剂。

2早期试用
  • 获取 Oxford Nanopore Technologies 的最新产品
  • 在产品开发过程中向创新团队提供反馈
  • 因产品过新,最初质保期可能限于一个月
  • 产品随新增特性和功能而定期升级
  • 商店中显示预估交货时间
  • 产品视供货情况而定

Information

我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 使用超高分子量DNA作为其实材料,并希望稳定产出N50大于50kb的超长读长
  • 希望使用端到端的超高分子量 DNA 测序工作流程

本品为一款早期试用产品
如需有关早期试用计划的更多信息,请参阅 本文了解产品的不同发布阶段

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。

DNA超长片段测序试剂盒 V14 用于超高分子量(uHMW)DNA的建库测序,并可产出N50>50kb且最长读长达4MB以上的超长序列片段。试剂盒的核心成分为转座酶。它能在切割模板分子的同时,将转座酶接头连接至酶切端。再将快速测序文库接头与转座酶接头连接。最后将DNA文库洗脱过夜。

该试剂盒采用最新的试剂盒 14系列试剂,当与我们最新推出的纳米孔R10.4.1联用时,原始序列准确率众数进一步提高且产出量增大。我们已重新调配测序芯片预处理试剂和测序试剂,以兼容经过改良的试剂盒14系列测序接头及R10.4.1纳米孔。

试剂盒14系列亦沿用了之前产品的优势,例如:接头的核酸链捕获率更高,因此测序芯片的文库上样量更低;接头采用能量稳固技术,免去用户在操作用时较长的测序实验时,中途向芯片添加额外能量。

DNA超长片段测序试剂盒 V14中现包含提取洗脱缓冲液 (EEB) 和沉淀缓冲液 (PTB),及经过升级、现与试剂盒 14系列兼容的冲洗系绳 UL(FTU) 。试剂盒还提供促进DNA沉淀和回收的‘沉淀星’(PS)。

我们使用 NEB Monarch® 高分子量组织DNA提取试剂盒提取超高分子量基因组DNA,将从DNA提取到测序的端到端工作流程缩减至一日。

下述起始材料已经过验证,可参照本实验指南进行端到端测序,并产出高N50的序列片段:

  • 六百万个体外培养的人类细胞(如GM24385)
  • 从血液中分离出的六百万个外周血单核细胞(PBMCs)

在MinION及PromethION上为上述起始材料测序并配合使用测序芯片清洗试剂盒(EXP-WSH004)时,将获得高数据产出。

DNA超长片段测序试剂盒 V14 特点:

特征详情
制备时间~200 分钟 + 洗脱过夜
起始材料要求- 外周血单核细胞:六百万个
- 分离自冷冻组织的细胞:六百万个
是否需要PCR不需要
片段化基于转座酶
试剂盒所用试剂试剂盒14系列试剂(V14)
读长50–100+ kb N50,读长最长 4+ Mb
相关实验指南DNA超长片段测序试剂盒 (SQK-ULK114)
包装大小内含六次反应用量。一次反应所制备的文库量可满足在一张MinION/GridION测序芯片上连续上样六次,或在PromethION上连续上样三次。
稳定性运输温度 2–8℃
长期存储温度 -20℃
Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

运输和物流

测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。

大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。

Workflow

本实验指南使用NEB Monarch® 高分子量组织DNA提取试剂盒(Monarch® HMW DNA Extraction Kit)从体外培养细胞、经纯化细胞或全血中提取基因组DNA,并使用DNA超长片段测序试剂盒 V14 对超高分子量DNA进行测序。整套工作流程仅需一日。

试剂盒的核心成分为转座酶。它能在切割模板分子的同时,将转座酶接头连接至酶切端。然后将连有转座酶接头的序列片段与快速文库接头相连。再洗脱过夜,上样至芯片测序。

Chinese SQK-ULK114

Protocols

DNA超长片段测序试剂盒 V14 (SQK-ULK114)

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What's in the box

DNA超长片段测序试剂盒 V14 内含六次文库制备的试剂用量。每个文库可供MinION、GridION或PromethION芯片上样三次。

ULK114 tubes

名称缩写管盖颜色管数每管溶液体积 (μl)
快速测序文库接头RA-140
片段化反应试剂FRA-150
FRA稀释缓冲液FDB-11,600
洗脱缓冲液EB-21,500
提取洗脱缓冲液EEB-31,700
测序缓冲液 ULSBU-21,000
上样溶液 ULLSU-1200
冲洗系绳 ULFTU-1600
测序芯片冲洗液FCF-215,500
沉淀缓冲液PTB-21,700
沉淀星PS-61 颗

3rd party materials

耗材

  • 1.5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 2 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 5 ml Eppendorf DNA LoBind 离心管
  • 15 ml Falcon 离心管
  • 100% 异丙醇
  • 100% 乙醇
  • 磷酸盐缓冲液 (PBS)
  • Qubit dsDNA BR检测试剂盒 (ThermoFisher, Q32850)
  • Qubit™ 分析管 (ThermoFisher, Q32856)
  • (非必需)牛血清白蛋白 (BSA) (50 mg/mL) (例如Invitrogen™ UltraPure™ BSA (50 mg/mL) 目录号 AM2616)

器材

  • 热循环仪或恒温加热仪
  • 恒温混匀仪
  • Hula混匀仪(低速旋转式混匀仪)
  • 涡旋混匀仪
  • 迷你离心机
  • 宽口枪头
  • P1000移液枪和枪头
  • P200移液枪和枪头
  • P20移液枪和枪头
  • Qubit荧光计(或用于质控检测的等效仪器)
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器

Compatibility

DNA超长片段测序试剂盒 V14(SQK-ULK114) 可与以下产品联用:

试剂盒

  • 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004)
  • 提取洗脱缓冲液扩展包 (EXP-EEB001)
  • 超长片段辅助扩展包 (EXP-ULA001)

测序芯片

R10.4.1:

  • FLO-MIN114
  • FLO-PRO114M

测序设备

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • GridION
  • PromethION