Information
我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:
- 希望清洗测序芯片并使用新样本测序。
- 希望按需为样品测序,而非批量测序。
- 希望将测序芯片内累积的大量“不可用”孔恢复至可用状态。
清洗试剂盒特点:
由于Oxford Nanopore平台可实时分析测序信息,并在MinKNOW用户界面上实时显示运行进程,因此当您采集到足量数据后,即可停止实验。测序芯片清洗试剂盒能高效去除芯片内的残留文库,且清洗过的芯片可立即投入使用。您也可将经过清洗后的芯片储存以备后用。本试剂盒可供48次清洗,且清洗过程只需两步。
测序芯片清洗试剂盒 XL(EXP-WSH004-XL)中的核酸酶能高效消化并去除芯片中的核酸:当再次用 于测序时,芯片内前一文库残留量低至0.1%。由于清洗过的芯片内仍有少量样本残留,因此我们建议当您为多个样本依次测序时,请为每个样本连接不同条码,以便过滤之前实验的残存序列。
图 1. 为含四种条码的混样文库测序。测序完成后,使用试剂盒清洗测序芯片,并加入含另四种不同条码的混样文库,进行第二次测序。重复上述步骤,进行第三次测序。我们使用以上流程在四张不同测序芯片上进行了测试。
在使用核酸酶处理芯片后,为避免酶的残留活性影响后续测序实验,会先将核酸酶灭活,然后再储存芯片或为其重新上样。我们未观察到清洗芯片对测序读长造成影响。
图 2. 芯片内的残余核酸酶已被灭活,可为芯片重新上样(或储存)。取部分制备好的文库上样至芯片(第一次上样)测序。一段时间后,停止测序并清洗芯片。从同一文库中,再取部分上样至该芯片(第二次上样)测序。再次重复清洗、上样和测序步骤(第三次上样)。三次上样产出的序列片段的读长分布未见明显差异,这表明测序芯片内的核酸酶经灭活后,残留活性极低。
使用测序芯片清洗试剂盒,提高芯片数据产出
测序时,如状 态为“正在恢复”(详细视图中的对应状态为“不可用”)的纳米孔逐渐增多且数据采集速率下降,则意味着能接受并测序核酸链的纳米孔的数量在减少。我们发现,若此时对芯片进行清洗,则可将此类纳米孔恢复至“单孔”状态。
图 3._ 因测序文库导致MinION 测序芯片内“不可用”通道大量累积,以致数据采集速度放缓:测序运行18小时后,芯片上可用于测序的纳米孔数量从最初的~1600个降至200个以内。经过清洗,状态为“单孔”的纳米孔数回升至 ~1000,大量纳米孔由“不可用”恢复至“单孔”状态。
我们发现,当测序产出因处于“正在恢复/不可用”状态的纳米孔增多而受到影响时,清洗芯片可将数据产量提高至少一倍。
图 4. 使用PromethION芯片进行文库测序所得产出:当数据采集速率因“不可用”孔数的增多而开始下降时,清洗芯片。每次清洗后的测序产出均较第一次清洗前增加一倍以上。
用户需使用测序辅助扩展包(EXP-AUX001)中提供的额外试剂,以将同一文库再次上样至清洗后的测序芯片。
运输和物流:
测序芯片和试剂盒均置于 环保且控温的装运箱中一起运输。
大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。
Compatibility
测序芯片清洗试剂盒可与以下产品联用:
试剂盒
所有Oxford Nanopore DNA 测序试剂盒
测序芯片
- FLO-MINSP6
- FLO-MIN106D
- FLO-PRO002
测序设备
- MinION Mk1B
- MinION Mk1C
- GridION
- PromethION