Information
我们强烈推荐有以下需求的用户使用该试剂盒：
- 不希望引入逆转录或PCR偏倚
- 希望解析天然核糖核酸的碱基结构，如修饰碱基
- 处理难以逆转录的转录本
请注意：使用本试剂盒，您需要购买额外的第三方试剂：详情请见“第三方材料”板块。
直接RNA测序试剂盒-XL的特点：
| 特征 | 详情 |
|---|
| 制备时间 | ~135 分钟 |
| 起始材料要求 | 300 ng 带PolyA尾的RNA 或 1 μg 总RNA |
| 是否需要PCR | 不需要 |
| 是否需要片段化 | 不需要 |
| 读长 | 与RNA长度相同 |
| 相关实验指南 | 直接RNA测序-XL (SQK-RNA004-XL) |
| 包装大小 | 48 次反应 |
| 稳定性 | 运输温度 2–8°C
长期存储温度 -20 – -30°C
Oxford Nanopore Technologies 规定此用产品的质保期为交付之日起三个月内。 |
直接RNA测序试剂盒-XL用于天然RNA的制备与测序。起始材料包括：带polyA尾的RNA或总RNA，例如真核生物mRNA和病毒RNA。
升级后试剂盒改善了在我们新推出的RNA测序芯片（FLO-MIN004RA and FLO-PRO004RA）上的测序产出，及原始序列准确率众数。该测序试剂盒中还包含测序芯片预处理试剂。该试剂经过重新调配，以与新的RNA测序芯片兼容。其它更新包括采用能量稳固技术，免去用户在操作用时较长的测序实验时，中途向芯片添加额外能量。
更多信息：
如实验并不侧重直接RNA测序带来的关键优势（碱基修饰识别及消除扩增偏倚），您可考虑使用当前产出通量更高的Oxford Nanopore cDNA试剂盒。
运输和物流：
测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。
大陆地区工作日均可发货，根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。
Workflow
直接RNA测序试剂盒-XL可为带polyA尾的RNA或总RNA测序。建库过程中，首先通过逆转录生成cDNA互补链。此cDNA链起稳定作用，以提高测序产出。然后将测序接头与RNA-cDNA杂交链连接，以备测序。
What's in the box
直接RNA测序试剂盒可供制备48次文库。
| 名称 | 缩写 | 管盖颜色 | 管/瓶数 | 溶液体积 (μl) |
|---|
| 逆转录接头 | RTA | 蓝色 | 1管 | 150 |
| RNA连接接头 | RLA | 绿色 | 1管 | 400 |
| RNA 参照品 | RCS | 黄色 | 3管 | 25 |
| 清洗缓冲液 | WSB | 白色 | 1瓶 | 24000 |
| RNA 洗脱缓冲液 | REB | 白色 | 1瓶 | 10000 |
| 文库溶液 | LIS | 白色管盖，粉色标签 | 2管 | 1800 |
| 测序缓冲液 | SB | 红色 | 3管 | 1700 |
| RNA 冲洗系绳 | RFT | 紫罗兰色 | 1管 | 1600 |
| 测序芯片冲洗液 | FCF | 白色 | 4瓶 | 15500 |
请注意： RNA CS（RCS）是校准链，其中包含自酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae中提取的烯醇化酶II YHR174W 。您可于此处获取相关的酵母FASTA参考文件。
3rd party materials
耗材
- 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
- 0.2 mL PCR 排管
- Eppendorf低吸附twin.tec®96孔PCR板，半裙边（Eppendorf™，0030129504）带热封
- 无核酸酶水（如ThermoFisher，目录号AM9937）
- 新制备的70％乙醇（用无核酸酶水配制）
- Induro® 逆转录酶及5x Induro®逆转录反应缓冲液 (NEB, M0681)
- 10mM 脱氧核糖核苷三磷酸（dNTP）溶液（例如 NEB 目录号N0447）
- NEBNext®快速连接反应缓冲液（NEB目录号 B6058）
- 2M U/ml的T4 DNA连接酶 （NEB目录号 M0202M）
- 小鼠RNase抑制剂（NEB，M0314）
- Agencourt RNAClean XP磁珠（Beckman Coulter™, 目录号A63987）
- Qubit™ RNA HS Assay（RNA高灵敏度检测）试剂盒（ThermoFisher 目录号Q32852）
- Qubit™ dsDNA HS Assay（双链DNA高灵敏度检测） 试剂盒（Invitrogen 目录号Q32851）
- Qubit™ 分析管 (Invitrogen 目录号Q32856)
器材
- 适用于96孔PCR板的磁力架，如DynaMag™-96 侧面带裙边磁力架 (ThermoFisher, 12027) 或适用于0.2 ml PCR 排管的磁力架，如DynaMag™-PCR 磁力架 (ThermoFisher, 492025)或DynaMag™-96 侧面磁力架 (ThermoFisher, 12331D)
- 微孔板离心机，如Fisherbrand™ 微孔板迷你离心机 （Fisher Scientific, 目录号11766427）
- 迷你离心机
- 涡旋混匀仪
- 盛有冰的冰桶
- 计时器
- 热循环仪
- Qubit™荧光计（或用于质控检测的等效仪器）
- P1000移液枪和枪头
- P100移液枪和枪头
- P20移液枪和枪头
- P10移液枪和枪头
- P2移液枪和枪头
- 量程覆盖0.5–10 μl、2–20 μl 及 20–200 μl的多通道移液枪
请注意： 上述第三方试剂为标准建库流程所需。如您将该试剂盒应用于其它工作流程，可能需要额外的第三方试剂。
Compatibility
直接RNA测序试剂盒-XL（SQK-RNA004-XL）可与以下产品联用：
试剂盒
- 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004)
- 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004-XL)
请注意： 测序芯片清洗试剂盒中的 DNase I（脱氧核糖核酸酶 I）无法恢复因直接RNA测序导致的测序芯片孔堵塞。相反，它会冲洗掉纳米孔阵列中的大部分文库，并去除剩余样本中的所有接头，防止其被重新捕获并测序，从而为测序芯片的后续文库上样做好准备。
测序芯片
- FLO-MIN004RA
- FLO-PRO004RA
测序设备
- MinION Mk1B
- MinION Mk1C
- MinION Mk1D
- GridION
- PromethION
