Information
我们强烈推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:
- 不希望引入逆转录或PCR偏倚
- 希望解析天然核糖核酸的碱基结构,如修饰碱基
- 处理难以逆转录的转录本
请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。
直接RNA测序试剂盒-XL的特点:
特征 | 详情 |
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制备时间 | ~135 分钟 |
起始材料要求 | 300 ng 带PolyA尾的RNA 或 1 μg 总RNA |
是否需要PCR | 不需要 |
是否需要片段化 | 不需要 |
读长 | 与RNA长度相同 |
相关实验指南 | 直接RNA测序-XL (SQK-RNA004-XL) |
包装大小 | 48 次反应 |
稳定性 | 运输温度 2–8°C
长期存储温度 -20 – -30°C
Oxford Nanopore Technologies 规定此用产品的质保期为交付之日起三个月内。 |
直接RNA测序试剂盒-XL用于天然RNA的制备与测序。起始材料包括:带polyA尾的RNA或总RNA,例如真核生物mRNA和病毒RNA。
升级后试剂盒改善了在我们新推出的RNA测序芯片(FLO-MIN004RA and FLO-PRO004RA)上的测序产出,及原始序列准确率众数。该测序试剂盒中还包含测序芯片预处理试剂。该试剂经过重新调配,以与新的RNA测序芯片兼容。其它更新包括采用能量稳固技术,免去用户在操作用时较长的测序实验时,中途向芯片添加额外能量。
更多信息:
如实验并不侧重直接RNA测序带来的关键优势(碱基修饰识别及消除扩增偏倚),您可考虑使用当前产出通量更高的Oxford Nanopore cDNA试剂盒。
运输和物流:
测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。
大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。
Workflow
直接RNA测序试剂盒-XL可为带polyA尾的RNA或总RNA测序。建库过程中,首先通过逆转录生成cDNA互补链。此cDNA链起稳定作用,以提高测序产出。然后将测序接头与RNA-cDNA杂交链连接,以备测序。

What's in the box
直接RNA测序试剂盒可供制备48次文库。

名称 | 缩写 | 管盖颜色 | 管/瓶数 | 溶液体积 (μl) |
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逆转录接头 | RTA | 蓝色 | 1管 | 150 |
RNA连接接头 | RLA | 绿色 | 1管 | 400 |
RNA 参照品 | RCS | 黄色 | 3管 | 25 |
清洗缓冲液 | WSB | 白色 | 1瓶 | 24000 |
RNA 洗脱缓冲液 | REB | 白色 | 1瓶 | 10000 |
文库溶液 | LIS | 白色管盖,粉色标签 | 2管 | 1800 |
测序缓冲液 | SB | 红色 | 3管 | 1700 |
RNA 冲洗系绳 | RFT | 紫罗兰色 | 1管 | 1600 |
测序芯片冲洗液 | FCF | 白色 | 4瓶 | 15500 |
请注意: RNA CS(RCS)是校准链,其中包含自酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae中提取的烯醇化酶II YHR174W 。您可于此处获取相关的酵母FASTA参考文件。
3rd party materials
耗材
- 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
- 0.2 mL PCR 排管
- Eppendorf低吸附twin.tec®96孔PCR板,半裙边(Eppendorf™,0030129504)带热封
- 无核酸酶水(如ThermoFisher,目录号AM9937)
- 新制备的70%乙醇(用无核酸酶水配制)
- Induro® 逆转录酶及5x Induro®逆转录反应缓冲液 (NEB, M0681)
- 10mM 脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)溶液(例如 NEB 目录号N0447)
- NEBNext®快速连接反应缓冲液(NEB目录号 B6058)
- 2M U/ml的T4 DNA连接酶 (NEB目录号 M0202M)
- 小鼠RNase抑制剂(NEB,M0314)
- Agencourt RNAClean XP磁珠(Beckman Coulter™, 目录号A63987)
- Qubit™ RNA HS Assay(RNA高灵敏度检测)试剂盒(ThermoFisher 目录号Q32852)
- Qubit™ dsDNA HS Assay(双链DNA高灵敏度检测) 试剂盒(Invitrogen 目录号Q32851)
- Qubit™ 分析管 (Invitrogen 目录号Q32856)
器材
- 适用于96孔PCR板的磁力架,如DynaMag™-96 侧面带裙边磁力架 (ThermoFisher, 12027) 或适用于0.2 ml PCR 排管的磁力架,如DynaMag™-PCR 磁力架 (ThermoFisher, 492025)或DynaMag™-96 侧面磁力架 (ThermoFisher, 12331D)
- 微孔板离心机,如Fisherbrand™ 微孔板迷你离心机 (Fisher Scientific, 目录号11766427)
- 迷你离心机
- 涡旋混匀仪
- 盛有冰的冰桶
- 计时器
- 热循环仪
- Qubit™荧光计(或用于质控检测的等效仪器)
- P1000移液枪和枪头
- P100移液枪和枪头
- P20移液枪和枪头
- P10移液枪和枪头
- P2移液枪和枪头
- 量程覆盖0.5–10 μl、2–20 μl 及 20–200 μl的多通道移液枪
请注意: 上述第三方试剂为标准建库流程所需。如您将该试剂盒应用于其它工作流程,可能需要额外的第三方试剂。
Compatibility
直接RNA测序试剂盒-XL(SQK-RNA004-XL)可与以下产品联用:
试剂盒
- 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004)
- 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004-XL)
请注意: 测序芯片清洗试剂盒中的 DNase I(脱氧核糖核酸酶 I)无法恢复因直接RNA测序导致的测序芯片孔堵塞。相反,它会冲洗掉纳米孔阵列中的大部分文库,并去除剩余样本中的所有接头,防止其被重新捕获并测序,从而为测序芯片的后续文库上样做好准备。
测序芯片
- FLO-MIN004RA
- FLO-PRO004RA
测序设备
- MinION Mk1B
- MinION Mk1C
- MinION Mk1D
- GridION
- PromethION