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直接RNA测序试剂盒-XL
SQK-RNA004-XL

本测序试剂盒针对天然RNA测序进行优化,以提高准确度及产出表现。支持同时处理多个样本。

本试剂盒为早期试用产品。

产品交货期:一周

2早期试用
  • 获取 Oxford Nanopore Technologies 的最新产品
  • 在产品开发过程中向创新团队提供反馈
  • 因产品过新,最初质保期可能限于一个月
  • 产品随新增特性和功能而定期升级
  • 商店中显示预估交货时间
  • 产品视供货情况而定

Information

我们强烈推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 不希望引入逆转录或PCR偏倚
  • 希望解析天然核糖核酸的碱基结构,如修饰碱基
  • 处理难以逆转录的转录本

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。

直接RNA测序试剂盒-XL的特点:

特征详情
制备时间~135 分钟
起始材料要求300 ng 带PolyA尾的RNA 或 1 μg 总RNA
是否需要PCR不需要
是否需要片段化不需要
读长与RNA长度相同
相关实验指南直接RNA测序-XL (SQK-RNA004-XL)
包装大小48 次反应
稳定性运输温度 2–8°C

长期存储温度 -20 – -30°C

Oxford Nanopore Technologies 规定此用产品的质保期为交付之日起三个月内。

直接RNA测序试剂盒-XL用于天然RNA的制备与测序。起始材料包括:带polyA尾的RNA或总RNA,例如真核生物mRNA和病毒RNA。

升级后试剂盒改善了在我们新推出的RNA测序芯片(FLO-MIN004RA and FLO-PRO004RA)上的测序产出,及原始序列准确率众数。该测序试剂盒中还包含测序芯片预处理试剂。该试剂经过重新调配,以与新的RNA测序芯片兼容。其它更新包括采用能量稳固技术,免去用户在操作用时较长的测序实验时,中途向芯片添加额外能量。

更多信息:

如实验并不侧重直接RNA测序带来的关键优势(碱基修饰识别及消除扩增偏倚),您可考虑使用当前产出通量更高的Oxford Nanopore cDNA试剂盒。

运输和物流:

测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。

大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。

Workflow

直接RNA测序试剂盒-XL可为带polyA尾的RNA或总RNA测序。建库过程中,首先通过逆转录生成cDNA互补链。此cDNA链起稳定作用,以提高测序产出。然后将测序接头与RNA-cDNA杂交链连接,以备测序。

Direct RNA004 workflow XL

What's in the box

直接RNA测序试剂盒可供制备48次文库。

SQK-RNA004-XL

名称缩写管盖颜色管/瓶数溶液体积 (μl)
逆转录接头RTA蓝色1管150
RNA连接接头RLA绿色1管400
RNA 参照品RCS黄色3管25
清洗缓冲液WSB白色1瓶24000
RNA 洗脱缓冲液REB白色1瓶10000
文库溶液LIS白色管盖,粉色标签2管1800
测序缓冲液SB红色3管1700
RNA 冲洗系绳RFT紫罗兰色1管1600
测序芯片冲洗液FCF白色4瓶15500

请注意: RNA CS(RCS)是校准链,其中包含自酿酒酵母Saccharomyces cerevisiae中提取的烯醇化酶II YHR174W 。您可于此处获取相关的酵母FASTA参考文件。

3rd party materials

耗材

  • 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
  • 0.2 mL PCR 排管
  • Eppendorf低吸附twin.tec®96孔PCR板,半裙边(Eppendorf™,0030129504)带热封
  • 无核酸酶水(如ThermoFisher,目录号AM9937)
  • 新制备的70%乙醇(用无核酸酶水配制)
  • Induro® 逆转录酶及5x Induro®逆转录反应缓冲液 (NEB, M0681)
  • 10mM 脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)溶液(例如 NEB 目录号N0447)
  • NEBNext®快速连接反应缓冲液(NEB目录号 B6058)
  • 2M U/ml的T4 DNA连接酶 (NEB目录号 M0202M)
  • 小鼠RNase抑制剂(NEB,M0314)
  • Agencourt RNAClean XP磁珠(Beckman Coulter™, 目录号A63987)
  • Qubit™ RNA HS Assay(RNA高灵敏度检测)试剂盒(ThermoFisher 目录号Q32852)
  • Qubit™ dsDNA HS Assay(双链DNA高灵敏度检测)试剂盒(Invitrogen 目录号Q32851)
  • Qubit™ 分析管 (Invitrogen 目录号Q32856)

器材

  • 适用于96孔PCR板的磁力架,如DynaMag™-96 侧面带裙边磁力架 (ThermoFisher, 12027) 或适用于0.2 ml PCR 排管的磁力架,如DynaMag™-PCR 磁力架 (ThermoFisher, 492025)或DynaMag™-96 侧面磁力架 (ThermoFisher, 12331D)
  • 微孔板离心机,如Fisherbrand™ 微孔板迷你离心机 (Fisher Scientific, 目录号11766427)
  • 迷你离心机
  • 涡旋混匀仪
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器
  • 热循环仪
  • Qubit™荧光计(或用于质控检测的等效仪器)
  • P1000移液枪和枪头
  • P100移液枪和枪头
  • P20移液枪和枪头
  • P10移液枪和枪头
  • P2移液枪和枪头
  • 量程覆盖0.5–10 μl、2–20 μl 及 20–200 μl的多通道移液枪

请注意: 上述第三方试剂为标准建库流程所需。如您将该试剂盒应用于其它工作流程,可能需要额外的第三方试剂。

Compatibility

直接RNA测序试剂盒-XL(SQK-RNA004-XL)可与以下产品联用:

试剂盒

  • 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004)
  • 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004-XL)

请注意: 测序芯片清洗试剂盒中的 DNase I(脱氧核糖核酸酶 I)无法恢复因直接RNA测序导致的测序芯片孔堵塞。相反,它会冲洗掉纳米孔阵列中的大部分文库,并去除剩余样本中的所有接头,防止其被重新捕获并测序,从而为测序芯片的后续文库上样做好准备。

测序芯片

  • FLO-MIN004RA
  • FLO-PRO004RA

测序设备

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • MinION Mk1D
  • GridION
  • PromethION