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cDNA-PCR 测序试剂盒
SQK-PCS111

用于全长转录本的高通量测序和定量。

此试剂盒采用我们的试剂盒11系列试剂。

本品计划于2024年5月从商店下架并停产,推荐您以SQK-PCS114替代。

5旧款产品
  • 此类产品的生命周期已接近尾声,即将停产
  • 如需讨论项目完成的时间安排,请您联系客户支持
  • 产品维保期不少于3个月
  • 产品将于3-6个月内停产
  • 商城页面显示产品交付时间
  • 产品售完即止

Information

我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 起始样本有限
  • 希望提高测序实验产出量
  • 希望识别并量化全长转录本
  • 希望分析差异基因表达
  • 希望鉴定并定量异构体、剪接变体及融合转录本

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。

PCR-cDNA 测序试剂盒的特点:

特征详情
制备时间~210 分钟 + PCR
起始材料要求4 ng 含poly-A尾的RNA 或 200ng总RNA
是否需要逆转录需要
是否需要PCR需要
读长PCR扩增富集的全长cDNA
试剂盒所用试剂试剂盒11系列试剂
相关实验指南PCR-cDNA 测序试剂盒 (SQK-PCS111)
使用10X Genomics 制备cDNA,为单细胞转录组测序
cDNA-PCR 测序 - 指定序列 (SQK-PCS111)
多样本测序选项测序芯片清洗试剂盒(EXP-WSH004)
包装大小6次反应
稳定性运输温度 2–8°C

长期存储温度 -20°C

Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

PCR-cDNA测序试剂盒可为低至4 ng的起始材料(即带poly-A尾的RNA)制备用于纳米孔测序的cDNA文库。用户亦可使用200ng 未经poly-A尾富集操作的总RNA作为起始材料,但可能需对实验条件进行额外优化。

实验通过链转换筛选出可用于剪接变体识别的全长转录本。首先使用本试剂盒提供的寡核苷酸,对含poly-A尾的全长RNA进行互补链合成和链转换。再借助含5’端标签的引物,PCR扩增合成双链cDNA。该标签可促成样本与快速测序接头的快速接合(不依赖连接酶)。

本cDNA试剂盒(“试剂盒11”系列)内所含的快速测序文库接头 T(RAP T)具有以下两个主要特征:一,接头的核酸链捕获率更高,因此测序芯片的文库上样量更低。二,接头采用能量稳固技术,免去用户在操作用时较长的测序实验时,中途向芯片添加额外能量。

此试剂盒内亦包含cDNA逆转录接头和逆转录引物,旨在从转录本末端合成cDNA,从而减少逆转录过程中的序列交叠,并方便用户测量 poly-A 尾的长度。

运输和物流:

测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。

大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。

Workflow

首先使用本试剂盒提供的寡核苷酸,对含poly-A尾的全长RNA进行互补链合成和链转换。再借助含5’端标签的引物,PCR扩增合成双链cDNA。该标签可促成样本与快速测序接头的快速接合(不依赖连接酶)。

Chinese SQK-PCS111 Kit Workflow

What's in the box

PCR-cDNA测序试剂盒(SQK-PCS111)可供制备六次文库。

Chinese SQK-PCS111 Kit Content

名称缩写管盖颜色管数每管溶液体积 (μl)
模板链转换引物 IISSPII紫罗兰色120
逆转录引物RTP黄色110
cDNA 逆转录接头CRTA琥珀色110
快速测序文库接头 TRAP T绿色110
退火缓冲液AB橙色110
cDNA 引物cPRM白色管盖,灰色标签140
洗脱缓冲液EB黑色1500
短片段缓冲液SFB棕色管盖,橙色标签11,800
测序缓冲液 IISBII红色1500
上样颗粒 IILBII粉色1360
上样溶液LS白色管盖,粉色标签1400
冲洗缓冲液FB蓝色61,170
冲洗系绳FLT白色管盖,紫色标签1200

3rd party materials

耗材

  • Agencourt RNAClean XP 磁珠
  • Agencourt AMPure XP 磁珠
  • Lambda 核酸外切酶 (NEB, 目录号M0262L)
  • NEBNext®快速连接反应缓冲液(NEB B6058)
  • T4 DNA 连接酶 2M U/ml (NEB M0202)
  • 10 mM dNTP 溶液 (例如, NEB N0447)
  • LongAmp® 热启动 Taq酶 2X 预混液(NEB, M0533S)
  • Maxima H Minus 逆转录酶(200 U/µL)与 5X RT 缓冲液一起提供(ThermoFisher,目录号 EP0751)
  • RNaseOUT™,40 U/μl (Life Technologies,目录号 10777019)
  • USER (尿嘧啶-特异性切除试剂) 酶 (NEB, 目录号 M5505L)
  • 核酸外切酶I (NEB,目录号 M0293)
  • 无核酸酶水(如ThermoFisher,目录号AM9937)
  • 新制备的70%乙醇(用无核酸酶水配制)
  • 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
  • 0.2 ml薄壁PCR管
  • Qubit RNA HS Assay(RNA高灵敏度检测)试剂盒(ThermoFisher Q32852)
  • Qubit dsDNA HS Assay(双链DNA高灵敏度检测)试剂盒(ThermoFisher Q32851)
  • Qubit™ 分析管(ThermoFisher Q32856)

器材

  • Hula混匀仪(低速旋转式混匀仪)
  • 适用于1.5ml Eppendorf离心管的磁力架
  • 迷你离心机
  • 涡旋混匀仪
  • 热循环仪
  • P1000 移液枪和枪头
  • P200 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P20 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • P2 移液枪和枪头
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器
  • Qubit荧光计(或用于质控检测的等效仪器)
  • 量程覆盖20-200 μl的多通道移液枪

Compatibility

cDNA-PCR 测序试剂盒可与以下产品联用:

试剂盒

  • 测序芯片清洗试剂盒(EXP-WSH004)
  • 测序辅助扩展包(EXP-AUX110)
  • 快速测序文库接头 T 扩展包 (EXP-RAP111)
  • RNA 参照品扩展包 (EXP-RCS001)

测序芯片

  • FLO-MIN106D
  • FLO-PRO002

测序设备

  • MinION Mk1C
  • MinION Mk1B
  • GridION
  • PromethION