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cDNA-PCR 测序试剂盒 V14
SQK-PCS114

本测序试剂盒适用于全长转录本的鉴定和定量,且具有高产出。

本品为一款早期试用产品

产品交货期:两周

此试剂盒采用我们最新的试剂盒14系列试剂。

2早期试用
  • 获取 Oxford Nanopore Technologies 的最新产品
  • 在产品开发过程中向创新团队提供反馈
  • 因产品过新,最初质保期可能限于一个月
  • 产品随新增特性和功能而定期升级
  • 商店中显示预估交货时间
  • 产品视供货情况而定

Information

我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 起始样本有限
  • 希望优化测序实验,以提高测序产出
  • 希望识别并量化全长转录本
  • 希望分析差异基因表达
  • 希望鉴定并定量异构体、剪接变体及融合转录本

本品为一款早期试用产品。 如需有关早期试用计划的更多信息,请参阅 本文了解产品的不同发布阶段

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。

cDNA-PCR 测序试剂盒 V14 的特点:

特征详情
制备时间225 分钟 + PCR
起始材料要求10 ng 含poly-A尾的RNA 或 500ng总RNA
是否需要逆转录需要
是否需要PCR需要
读长通过PCR扩增富集的全长cDNA
试剂盒所用试剂试剂盒14系列试剂
相关实验指南cDNA-PCR 测序 V14 (SQK-PCS114)
多样本测序选项测序芯片清洗试剂盒
包装大小6次反应
稳定性运输温度 2–8°C

长期存储温度 -20°C

Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

PCR-cDNA测序试剂盒可为低至10ng的起始材料(即带poly-A尾的RNA)制备用于纳米孔测序的cDNA文库。用户亦可使用500ng未经poly-A尾富集操作的总RNA作为起始材料,但可能需对实验条件进行额外优化。

实验通过链转换的方法选择全长转录本,并在此过程中引入UMI(唯一分子标记),以协助鉴定和区分剪接变体。首先使用本试剂盒提供的寡核苷酸对含有poly-A尾的全长RNA进行互补链合成和链转换。随后,利用带有5'端标签的引物进行PCR扩增,合成双链cDNA。该标签可促成样本与快速测序接头的快速接合,而无需依赖连接酶。

该试剂盒采用最新的试剂盒 14系列试剂,当与我们最新推出的纳米孔R10.4.1联用时,原始序列准确率众数进一步提高且产出量增大。我们已重新调配测序芯片预处理试剂和测序试剂,以兼容经过改良的试剂盒14系列测序接头及R10.4.1纳米孔。

试剂盒14系列亦沿用了之前产品的优势,例如:接头的核酸链捕获率更高,因此测序芯片的文库上样量更低;接头采用能量稳固技术,免去用户在操作用时较长的测序实验时,中途向芯片添加额外能量。

此试剂盒内亦包含cDNA逆转录接头和逆转录引物,旨在从转录本末端合成cDNA,从而减少逆转录过程中的序列交叠,并方便用户测量 poly-A 尾的长度。同时,新增的PCR后洗涤步骤有助于减少在使用质量较低的样本时出现的短片段伪影。

运输和物流:

测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。

大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。

Workflow

首先使用本试剂盒提供的寡核苷酸,对含poly-A尾的全长RNA进行互补链合成和链转换。再借助含5’端标签的引物,PCR扩增合成双链cDNA。该标签可促成样本与快速测序接头的快速接合(不依赖连接酶)。

Chinese SQK-PCS111 Kit Workflow

What's in the box

cDNA-PCR测序试剂盒 V14(SQK-PCS114)可供制备六次文库。

SQK PCS114 Kit content

名称缩写管盖颜色管数每管溶液体积 (μl)
模板链转换引物 IISSPII蓝紫色120
逆转录引物RTP黄色110
cDNA 逆转录接头CRTA琥珀色110
退火缓冲液AB橙色110
快速测序文库接头RA绿色115
接头缓冲液ADB透明1100
cDNA 引物cPRM白色管盖,灰色标签140
洗脱缓冲液EB黑色1500
短片段缓冲液SFB透明11,800
测序缓冲液SB红色1700
文库颗粒LIB粉色1600
文库溶液LIS白色管盖,粉色标签1600
测序芯片系绳FCT紫色1200
测序芯片冲洗液FCF透明18,000

3rd party materials

耗材:

  • Agencourt RNAClean XP 磁珠 (Beckman Coulter™, A63987)
  • Agencourt AMPure XP 磁珠 (Beckman Coulter™, A63881)
  • Lambda 核酸外切酶 (NEB, Cat # M0262L)
  • NEBNext® 快速连接反应缓冲液 (NEB, B6058)
  • T4 DNA 连接酶 2M U/ml (NEB, M0202T/M)
  • 10 mM dNTP 溶液 (例如,NEB N0447)
  • LongAmp® 热启动 Taq酶 2X 预混液 (NEB, M0533S)
  • Maxima H Minus 逆转录酶 (200 U/µL)与 5X RT 缓冲液一起提供 (ThermoFisher, EP0751)
  • RNaseOUT™, 40 U/μl (Life Technologies, 10777019)
  • USER (尿嘧啶-特异性切除试剂) 酶 (NEB, M5505L)
  • Thermolabile 核酸外切酶 I (NEB, M0568)
  • 无核酸酶水 (例如,ThermoFisher, AM9937)
  • 新制备的70%乙醇(用无核酸酶水配制)
  • 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
  • 0.2 ml薄壁PCR管
  • Qubit RNA HS Assay(RNA高灵敏度检测)试剂盒 (ThermoFisher Q32852)
  • Qubit dsDNA HS Assay(双链DNA高灵敏度检测)试剂盒 (ThermoFisher, Q32851)
  • Qubit™ 分析管 (Invitrogen, Q32856)

器材:

  • Hula混匀仪(低速旋转式混匀仪)
  • 适用于1.5ml Eppendorf离心管的磁力架
  • 迷你离心机
  • 涡旋混匀仪
  • 热循环仪
  • 多通道移液枪
  • P1000 移液枪和枪头
  • P200 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P20 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • P2 移液枪和枪头
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器
  • Qubit荧光计(或用于质控检测的等效仪器)

Compatibility

试剂盒:

  • 快速测序文库接头辅助扩展包 V14 (EXP-RAA114)
  • 测序辅助扩展包 V14 (EXP-AUX003)
  • 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004)
  • 测序芯片清洗试剂盒-XL (EXP-WSH004-XL)
  • 测序芯片预处理试剂盒 V14 (EXP-FLP004)
  • 测序芯片预处理试剂盒-XL (EXP-FLP004-XL)
  • RNA 参照品扩展包 (EXP-RCS001)

测序芯片:

  • FLO-MIN114
  • FLO-PRO114M

测序设备:

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • GridION
  • PromethION