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Nanopore sequencing offers advantages in all areas of research. Our offering includes DNA sequencing, as well as RNA and gene expression analysis and future technology for analysing proteins.

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Oxford Nanopore TechnologiesFully scalable, real-time DNA/RNA sequencing technology
Oxford Nanopore DiagnosticsLamPORE – rapid, low-cost, scalable detection of SARS-CoV-2
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免扩增条形码扩展包13-24(免PCR)
EXP-NBD114

一款为高通量量身打造的试剂盒,可灵活运用于各种混样建库方案。

Information

我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 希望混样测序以降低单个样本的测序成本
  • 希望通过免扩增的方式混样建库,以保留碱基修饰等信息
  • 希望通过优化测序实验以提高通量
  • 需要控制读长
  • 希望利用上游处理工序(如片段大小选择或全基因组扩增)获得长读长

当单张测序芯片能产出的总数据量高于单个样本所需数据量时,混样测序可提高芯片的利用效率,节省用户对单个样本的测序支出。

免扩增条形码扩展包1-12内含12种不同条码序列,供双链DNA样本的免扩增混样测序使用。例如:

  • 与连接测序试剂盒联用,用于gDNA的混样测序。
  • 与cDNA直接测序试剂盒联用,用于cDNA的混样测序。

使用本试剂盒进行文库制备的方法与使用连接法建库测序试剂盒相似:首先,使用NEBNext FFPE DNA修复混合液和NEBNext末端修复/dA尾添加模块对DNA末端进行修复和dA尾添加;接着将条形码接头的dT尾端与DNA的dA尾端连接;然后将带有不同条形码序列的样本混合,再将条形码接头的粘性末端与测序接头连接。

免扩增条码试剂盒的特点:

特征详情
制备时间80 分钟
起始材料要求1000 ng 双链 DNA
是否需要PCR不需要
片段化可选
读长等于片段长度
产出序列片段类型1D
典型通量★★★
Associated protocols免扩增条形码基因组DNA建库 (EXP-NBD104 及 EXP-NBD114)
免扩增条形码扩增子建库 (EXP-NBD104 and EXP-NBD114)
双条码建库
免扩增条码cDNA直接测序
SARS-CoV-2病毒叠瓦式扩增经典版方案
使用免扩增条码的SARS-CoV-2病毒叠瓦式扩增经济版方案
基于Hamilton NGS Star 96移液工作站的自动化SARS-CoV-2病毒叠瓦式扩增建库方案
包装大小内含六次反应用量
稳定性运输温度 2–8℃

长期存储温度 -20°C

Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

本试剂盒经过优化,无需PCR扩增即可产出高通量的序列片段。我们建议您使用 200 fmol 纯化后DNA作为起始核酸量,以最大化数据产量(如文库中含两个样本,则每个样本的起始量为 100 fmol)。如起始DNA用量较低或样本纯度较低,可能影响文库制备效率并降低测序通量。

您可使用 Covaris g-TUBE管剪切样本,以提高DNA总量至200 fmol:将1 μg基因组DNA剪切成8 kb的片段,所对应物质的量即为200 fmol。如果实验需要长读长,我们建议您使用全长基因组DNA,而非片段化DNA。请注意:如需长读长,则起始材料中必须含有长片段。我们建议您使用Nanodrop测量A260/280 及 A260/230以确定样本纯度,且比例应满足以下标准:

  • A260/280 = 1.8
  • A260/230 = 2.0-2.2

免扩增条码扩展包1-12兼容多种上游核酸处理,如通全基因组扩增(当样本量低于1 ng 时)及片段大小筛选(例如,使用BluePippin富集特定片段长度)。鉴于片段大小筛选对DNA消耗较大,如采用此步骤,我们建议您提高起始DNA的用量。

MinKNOW及Guppy软件支持混样测序数据的条码拆分,并按条码将序列片段分类并分配至相应文件夹。

更多信息:

起始核酸量较少,或样本纯度较低时,会影响文库制备效率并降低测序通量。当样本量不足时,可以采用PCR扩增的方式增加起始核酸量。而当样本纯度较低时,建库效率也会受到影响,此时可选择PCR特异性扩增成功连接PCR接头的分子,从而稀释或去除文库中的杂质。在大多数情况下,PCR扩增可大大提升由文库引起的低测序表现(例如使用扩增条码试剂盒)。

运输和物流:

测序芯片和试剂盒运输条件:2–8°C。

收到后,请按照试剂盒上的说明妥善储存产品。

不同地区的发货时间如下:

地区发货时间
美国、欧盟周一至周四
加拿大、挪威、韩国和日本加急形式,周一至周三
澳大利亚、新西兰周五
其它产品于周一发货,以留有整周的运输时间

Workflow

使用本试剂盒进行文库制备的方法与使用连接法建库测序试剂盒相似:首先,使用NEBNext FFPE DNA修复混合液和NEBNext末端修复/dA尾添加模块对DNA末端进行修复和dA尾添加;接着将条形码接头的dT尾端与DNA的dA尾端连接;然后将带有不同条形码序列的样本混合,再将条形码接头的粘性末端与测序接头连接。

Chinese EXP-NBD104 Workflow

What's in the box

免扩增条形码扩展包13-24内含12种不同条码序列,可供制备六次文库。

Chinese EXP-NBD114 Kit Content

名称缩写管盖颜色管数溶液体积 (μl)
免扩增条码 13-24NB13-24白色1215
测序接头IIAMII绿色130

Compatibility

此免扩增条码扩展包 13-24 可与以下产品搭配使用:

试剂盒

  • 连接测序试剂盒(SQK-LSK109)
  • cDNA直接测序试剂盒(SQK-DCS109)
  • 测序芯片清洗试剂盒(EXP-WSH004)

测序芯片

  • FLO-MINSP6
  • FLO-MIN106D
  • FLO-MIN111
  • FLO-PRO002
  • FLO-FLG001

测序仪

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • Flongle
  • GridION
  • PromethION