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Oxford Nanopore TechnologiesFully scalable, real-time DNA/RNA sequencing technology
Oxford Nanopore DiagnosticsLamPORE – rapid, low-cost, scalable detection of SARS-CoV-2
London Calling 2022
18th - 20th May
连接测序试剂盒
SQK-LSK110

一款为长读长,高通量量身打造的试剂盒,可灵活运用于各种单样本建库方案。如需进行基于混样建库,我们推荐您使用以下两款隶属“试剂盒12”系列的测序试剂盒:免扩增条形码试剂盒-24(SQK-NBD112.24)或 免扩增条形码试剂盒-96(SQK-NBD112.96)。

4Fully released
  • Products from Oxford Nanopore Technologies that have been available for some time
  • Users can continue to provide feedback through feature req
  • Warranty periods of 3 months or more * Product continues to iterate with change notifications of 3-6 months
  • Lead time visible in store
  • Product subject to availability

Information

我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

-希望通过优化测序实验以提高通量。 -希望获得长读长 -希望利用上游处理工序(如片段大小选择、全基因组扩增、或富集)

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块

连接测序试剂盒特点:

特征详情
制备时间~60 分钟
起始材料要求1000 ng 双链 DNA
是否需要PCR不需要
片段化可选;如起始DNA量为 100-500 ng时,推荐使用
读长同片段长度
产出序列片段类型1D
相关实验指南基因组DNA连接法建库
Lambda标准品实验
扩增子连接法建库
低起始量基因组DNA扩增建库
PCR条形码基因组DNA建库
PCR条形码扩增子建库
PCR条形码(96) 基因组DNA建库
PCR条形码 (96) 扩增子建库
优质全基因组扩增建库
外显子测序
序列捕获
混样选项PCR 条码扩展包 1-12 及 1-96
测序芯片清洗试剂盒
包装大小6次反应
稳定性• 运输温度 2–8°C
• 长期存储温度 -20°C
• Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

连接测序试剂盒可简单灵活地制备双链DNA(例如gDNA,cDNA或扩增子)测序文库,流程包括:FFPE修复DNA,并对DNA进行末端修复和dA尾添加以便与接头连接;再将试剂盒中提供的测序接头连接至DNA末端。

本试剂盒经过优化,可产出高通量长度长的序列片段。我们建议您使用 50-100 fmol 纯化后DNA作为起始核酸量,以最大化数据产量。如起始DNA用量较低或样本纯度较低,可能影响文库制备效率,并降低测序通量。

本试剂盒内含升级版测序接头(测序接头F,亦称AMX-F)。与上一版试剂盒相比,该接头在测序过程中所消耗燃料大幅较少,因此更有利于维持过孔速度、提高测序通量。

Chinese SQK-LSK110 Kit9 vs Kit10 translocation

用户可使用1 μg 基因组DNA(Qubit荧光计定量)或 50 fmol 短片段DNA(例如扩增子或cDNA)作为起始核酸用量。如果实验需要长读长,我们建议您使用全长基因组DNA,而非片段化DNA。请注意:如需长读长,则起始材料中必须含有长片段。

我们建议您使用Nanodrop测量A260/280 及 A260/230以确定样本纯度,且比例应满足以下标准:

  • A260/280 = 1.8
  • A260/230 = 2.0-2.2

    连接测序试剂盒兼容多种上游核酸处理,如通过靶向捕获富集、全基因组扩增(当样本量低于1 ng 时)及片段大小筛选(例如,使用BluePippin富集特定片段长度)。鉴于片段大小筛选对DNA消耗较大,如采用此步骤,我们建议您提高起始DNA的用量。

Chinese SQK-ULK001 Ligation fragmentation comparison

上图数据源自对三种不同处理的DNA使用连接建库方式制备的E.coli文库:基因组DNA,g-TUBE片段化样本,以及经片段筛选的样本。图A为相对测序产量。图B、C、D分别对应每种建库方式的典型读长分布。

免扩增的实验流程避免了扩增偏倚并保留了碱基修饰信息。使用纳米孔社区开发的工具即可对碱基修饰信息进行分析。

更多信息:

起始样本核酸量较少,或纯度较低,会影响文库制备效率并降低测序通量。当样本量不足时,可以采用PCR扩增的方式增加起始核酸量。当样本纯度较低时,建库效率也会受到影响。此时可选用PCR,特异性扩增与接头成功连接的分子,从而稀释或去除样本中的杂质。在大多数情况下,低质量样本引起的测序问题可通过建库过程中加入PCR得到改善。然而,如需经常采用PCR扩增法制备文库,我们推荐您使用PCR测序试剂盒或快速PCR测序试剂盒。因为尽管连接测序试剂盒可为任意双链DNA建库,但对时常进行扩增子或cDNA测序的用户,选择针对样本类型的测序试剂盒可在简化操作流程的同时获得更理想的测序结果。我们推荐您使用PCR测序试剂盒辅以四引物PCR实验指南(如需为多个样本进行混样测序,则使用PCR条码试剂盒)为扩增子测序,使用PCR-cDNA测序试剂盒或直接cDNA测序试剂盒为cDNA测序。

运输和物流:

测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。

大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。

Workflow

连接测序试剂盒可简单灵活地制备双链DNA(例如gDNA,cDNA或扩增子)测序文库,流程包括:FFPE修复DNA,并对DNA进行末端修复和dA尾添加以便与接头连接;再将试剂盒中提供的测序接头连接至DNA末端。

Chinese SQK-LSK110 Workflow

What's in the box

连接测序试剂盒可供制备六次文库。

Chinese SQK-LSK110 Kit Content

名称缩写管盖颜色管数溶液体积 (μl)
DNA参照DCS黄色135
测序接头FAMX-F绿色140
连接缓冲液LNB透明1200
长片段缓冲液LFB白色管盖,标签上有橙色条纹21.8 ml
短片段缓冲液SFB灰色21.8 ml
测序缓冲液 IISBII红色1500
洗脱缓冲液EB黑色1200
上样颗粒 IILBII粉色1360
上样溶液LS白色管盖,标签上有粉色贴纸1360
冲洗缓冲液FB蓝色61.17 ml
冲洗系绳FLT紫色1200

3rd party materials

耗材

  • Agencourt AMPure XP磁珠
  • 供Oxford Nanopore Technologies® 连接测序使用的NEBNext® 配套模块(目录号E7180S)。或者,您也可以使用以下三种NEBNext®产品:
  • NEBNext FFPE修复混合液 (M6630)
  • NEBNext Ultra II末端修复/ dA尾添加模块 (E7546)
  • NEBNext 快速连接模块 (E6056)
  • 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
  • 0.2ml薄壁PCR管
  • 无核酸酶水(如ThermoFisher,目录号AM9937)
  • 新制备的70%乙醇(用无核酸酶水配制)

器材

  • Hula混匀仪(低速旋转式混匀仪)
  • 适用于1.5ml Eppendorf离心管的磁力架
  • 迷你离心机
  • 涡旋混匀仪
  • 热循环仪
  • P1000 移液枪和枪头
  • P200 移液枪和枪头
  • P100 移液枪和枪头
  • P20 移液枪和枪头
  • P10 移液枪和枪头
  • P2 移液枪和枪头
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器

可选器材

  • Agilent生物分析仪(或等效仪器)
  • Qubit荧光计 (或用于质控检测的等效仪器)
  • Eppendorf 5424离心机(或等效仪器)

Compatibility

此连接测序试剂盒可与以下产品搭配使用:

试剂盒

  • PCR 条码扩展包 1-12 (EXP-PBC001)
  • PCR 条码扩展包 1-96 (EXP-PBC096)
  • PCR 扩展包 (EXP-PCA001)
  • 测序辅助扩展包 (EXP-AUX110)
  • 测序芯片清洗试剂盒 (EXP-WSH004)
  • 即将推出的升级版免扩增条码试剂盒

测序芯片

  • FLO-MINSP6
  • FLO-MIN106D
  • FLO-MIN111
  • FLO-PRO002
  • FLO-FLG001

测序仪

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • Flongle
  • GridION
  • PromethION