Information
我们强烈推荐有以下需求的用户使用该试剂盒：
- 不希望引入逆转录或PCR偏倚
- 转录本样本难以被逆转录
- 望解析天然核糖核酸的碱基结构，如修饰碱基
请注意：使用本试剂盒，您需要购买额外的第三方试剂：详情请见“第三方材料”板块。
直接RNA测序试剂盒的特点：
| 特征 | 详情 |
|---|
| 制备时间 | 105 分钟 |
| 起始材料要求 | 500 ng 带PolyA尾的RNA |
| 是否需要反转录 | 可选 |
| 是否需要PCR | 不需要 |
| 读长 | 与RNA长度相同 |
| 典型序列片段数 | MinION/GridION上每张测序芯片可产出一百万条全长序列片段；PromethION上每张测序芯片可产出三百万条全长序列片段 |
| 试剂盒所用试剂 | 试剂盒9系列 |
| 相关实验指南 | • 直接RNA测序对照实验
• 直接RNA测序
• 目标RNA直接测序 |
| 多样本测序选项 | 测序芯片清洗试剂盒 |
| 包装大小 | 6 次反应 |
| 稳定性 | 运输温度 2–8°C
长期存储温度 -20°C
Oxford Nanopore Technologies 规定产品质保期为交付之日起三个月内。 |
更多信息：
直接RNA测序试剂盒推出不久，其测序准确率和通量将随版本升级而不断提升。如实验并不侧重直接RNA测序带来的关键优势（碱基修饰识别及消除扩增偏倚），您可考虑使用当前产出通量更高的Oxford Nanopore cDNA试剂盒。
运输和物流：
测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。
大陆地区工作日均可发货，根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。
Workflow
与直接RNA测序试剂盒（SQK-RNA002）兼容的起始RNA类型包括真核生物mRNA、带polyA尾的病毒RNA，以及任何经polyA 加尾试剂盒制备的RNA。当与Oxford Nanopore测序仪联用时，您可使用直接RNA测序试剂盒（SQK-RNA002）为3´端带 polyA 尾的RNA制备文库，再进行单链测序。如样本RNA不含polyA尾（如tRNA或16S rRNA），您可按相关说明制备自定义接头，以便连接特定的3’端序列。本试剂盒所需的RNA起始量为500ng。
与将RNA逆转录为cDNA进行间接测序不同，直接RNA测序试剂盒对RNA本身进行测序。使用直接RNA测序试剂盒测序时，仅天然RNA通过纳米孔传感器，因此测序读长反映了样本中RNA分子的长度。
如用户在使用直接RNA测序试剂盒时加入逆转录步骤（非必需但推荐），测序通量会在cDNA不被测序的情况下有显著提升。
Protocols
• 直接RNA测序对照实验
• 直接RNA测序
• 目标RNA直接测序
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What's in the box
直接RNA测序试剂盒可供制备六次文库。
| 名称 | 缩写 | 管盖颜色 | 管数 | 溶液体积 (μl) |
|---|
| 逆转录接头 | RTA | 蓝色 | 1 | 6 |
| RNA测序接头 | RMX | 绿色 | 1 | 36 |
| RNA标准试样 | RCS | 黄色 | 1 | 12 |
| 清洗缓冲液 | WSB | 橙色 | 2 | 900 |
| 洗脱缓冲液 | ELB | 黑色 | 1 | 246 |
| RNA运行缓冲液 | RRB | 红色 | 1 | 450 |
测序芯片预处理试剂盒将一并供应：
| 名称 | 缩写 | 管盖颜色 | 管数 | 溶液体积 (μl) |
|---|
| 冲洗缓冲液 | FB | 蓝色 | 6 | 975 |
| 冲洗系绳 | FLT | 紫色 | 1 | 180 |
3rd party materials
器材
- 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
- 0.2 ml薄壁PCR管
- 无核酸酶水（如ThermoFisher，目录号AM9937）
- 新制备的70％乙醇（用无核酸酶水配制）
- SuperScript III逆转录酶（Thermo Fisher Scientific，18080044）
- 10mM 脱氧核糖核苷三磷酸（dNTP）溶液（例如 NEB 目录号N0447）
- NEBNext®快速连接反应缓冲液（NEB目录号 B6058）
- 2M U/ml的T4 DNA连接酶 （NEB目录号 M0202）
- Agencourt RNAClean XP磁珠
- Qubit RNA HS Assay（RNA高灵敏度检测）试剂盒（ThermoFisher 目录号Q32852）
- Qubit dsDNA HS Assay（双链DNA高灵敏度检测）试剂盒（ThermoFisher 目录号Q32851）
器材
- Hula混匀仪（低速旋转式混匀仪）
- 磁力架
- 迷你离心机
- 涡旋混匀仪
- 盛有冰的冰桶
- 计时器
- 热循环仪
- P1000移液枪和枪头
- P100移液枪和枪头
- P20移液枪和枪头
- P10移液枪和枪头
- P2移液枪和枪头
可选器材
- Agilent生物分析仪（或等效仪器）
- Qubit荧光计（或用于质控检测的等效仪器）
- Eppendorf 5424 离心机（或等效器材）
Compatibility
直接RNA测序试剂盒可与以下产品联用：
试剂盒
测序芯片
- FLO-MINSP6
- FLO-MIN106D
- FLO-PRO002
测序仪
- MinION Mk1B
- MinION Mk1C
- GridION
- PromethION
