Products & ServicesApplicationsResourcesInvestorsCareers
Oxford Nanopore TechnologiesFully scalable, real-time DNA/RNA sequencing technology
Oxford Nanopore DiagnosticsLamPORE – rapid, low-cost, scalable detection of SARS-CoV-2
London Calling 2022
18th - 20th May
cDNA直接测序试剂盒
SQK-DCS109

用于鉴定和定量全长转录本,无PCR偏倚。

商品包含一个测序芯片预处理试剂盒

3Released
  • Products from Oxford Nanopore Technologies that have completed their Early Access
  • Users can continue to provide feedback through feature request pinboard
  • Warranty periods extended to 1 – 3 months
  • Product continues to iterate with upgrade notifications of up to 3 months
  • Lead time visible in store
  • Product subject to availability

Information

我们强烈推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 希望识别并量化全长转录本
  • 希望分析差异基因表达
  • 希望鉴定并定量异构体、剪接变体及融合转录本
  • 希望避免又PCR引入的偏向性和异常序列

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。

cDNA直接测序试剂盒无需借助PCR即可制备用于纳米孔测序的cDNA文库。该试剂盒推荐使用100ng带PolyA尾的RNA作为起始材料。

以带polyA尾的全长RNA为模板,使用试剂盒内提供的寡核苷酸进行互补链合成和链转换。再将RNA模板降解,以前一步骤中合成的cDNA为模板,合成第二条核酸链(即cDNA链的互补链)。最后将cDNA直接测序试剂盒内提供的测序接头与双链cDNA连接。

cDNA直接测序试剂盒的特点:

特征详情
制备时间275 分钟
起始材料要求100 ng 含poly-A尾的RNA
是否需要逆转录需要
是否需要PCR不需要
读长在第二链合成过程中富集的全长cDNA
产出序列片段类型1D
常规序列片段数MinION/GridION上每张测序芯片可产出五百万至一千万条全长序列片段;PromethION上每张测序芯片可产出一千五百万至三千万条序列片段
相关实验指南cDNA直接测序
cDNA直接免扩增条形码测序
混样测序选项• 免扩增条形码扩展包 1-12 (EXP-NBD104)
• 免扩增条形码扩展包 13-24 (EXP-NBD114)
• 测序芯片清洗试剂盒
包装大小6次反应
稳定性运输温度 2–8℃

长期存储温度 -20℃

Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

更多信息:

免扩增条码扩展包 1-12(EXP-NBD104)及13-24(EXP-NBD114)可用于多达24个RNA样本的混样测序。

运输和物流:

测序芯片和试剂盒均置于环保且控温的装运箱中一起运输。

大陆地区工作日均可发货,根据运输情况1-3天到达。港澳台地区每周一从英国发货。

Workflow

以带polyA尾的全长RNA为模板,使用试剂盒内提供的寡核苷酸进行互补链合成和链转换。再将RNA模板降解,以前一步骤中合成的cDNA为模板,合成第二条核酸链(即cDNA链的互补链)。最后将cDNA直接测序试剂盒内提供的测序接头与双链cDNA连接——测序接头为cDNA链顺利入孔提供了必要的生物元件。每次测序仅涉及双链中的一条,因此输出结果为单链片段。

Chinese DCS109 Workflow

Protocols

cDNA直接测序
cDNA直接免扩增条码测序

请注册纳米孔社区账户,以获取上述实验指南。

What's in the box

cDNA直接测序试剂盒可供制备六次文库。

Chinese SQK-DCS109 Kit Content

名称缩写管盖颜色管数溶液体积 (μl)
简并性引物VNP蓝色1200
模板链转换引物SSP粉色1160
PR2 引物PR2黄色1160
测序接头AMX绿色140
清洗缓冲液WSB橙色31000
洗脱缓冲液EB黑色1200
测序缓冲液SQB红色2300
测序系绳SQT紫色110
上样颗粒LB粉色1360

测序芯片预处理试剂盒将一并供应。

Chinese FLP002 Content

名称缩写管盖颜色管数溶液体积 (μl)
冲洗缓冲液FB蓝色61.17 ml
冲洗系绳FLT紫色1200 µl

3rd party materials

耗材

  • NEBNext 末端修复/ dA尾添加模块(E7546)
  • NEB Blunt/TA 连接酶预混液(M0367)
  • 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
  • 0.2 ml薄壁PCR管
  • 无核酸酶水(如ThermoFisher,目录号AM9937)
  • 新制备的70%乙醇(用无核酸酶水配制)
  • Agencourt AMPure XP磁珠
  • 10mM 脱氧核糖核苷三磷酸(dNTP)溶液(例如 NEB N0447)
  • LongAmp Taq 2X 预混液(如,NEB 目录号M0287)
  • Maxima H Minus 逆转录酶(200 U/µL)与 5X RT 缓冲液一起提供(ThermoFisher,目录号 EP0751)
  • RNaseOUT™, 40 U/μl (Life Technologies,目录号10777019)
  • RiboShredder (Epicentre, RS12500),或 RNase Cocktail 酶混合物(ThermoFisher,目录号AM2286)

器材

  • Hula混匀仪(低速旋转式混匀仪)
  • 磁力架
  • 迷你离心机 -涡旋混匀仪
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器
  • 热循环仪
  • P1000移液枪和枪头
  • P100移液枪和枪头
  • P20移液枪和枪头
  • P10移液枪和枪头
  • P2移液枪和枪头
  • 适用于200 µl离心管的、置于-20℃下预冷的低温冰浴盒(例如,Eppendorf 022510509)

可选器材

  • Agilent生物分析仪(或等效仪器)
  • Qubit荧光计(或用于质控检测的等效仪器)
  • Eppendorf 5424 离心机(或等效器材)

Compatibility

cDNA直接测序试剂盒可与以下产品联用:

试剂盒

  • 免扩增条形码扩展包1-12(EXP-NBD104)
  • 免扩增条形码扩展包13-24(EXP-NBD114)
  • 测序芯片清洗试剂盒(EXP-WSH004)

测序芯片

  • FLO-MINSP6
  • FLO-MIN106D
  • FLO-PRO002

测序仪

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • GridION
  • PromethION