Products & ServicesApplications

Applications

Nanopore sequencing offers advantages in all areas of research. Our offering includes DNA sequencing, as well as RNA and gene expression analysis and future technology for analysing proteins.

Learn about applications
ResourcesNewsExplore
Oxford Nanopore TechnologiesFully scalable, real-time DNA/RNA sequencing technology
Oxford Nanopore DiagnosticsLamPORE – rapid, low-cost, scalable detection of SARS-CoV-2
Cas9测序试剂盒
SQK-CS9109

通过 CRISPR-Cas9 实现对基因组特定区域的靶向测序

 本品包含一个测序芯片预处理试剂盒 ll

Information

我们推荐有以下需求的用户使用该试剂盒:

  • 希望在不借助 PCR 的情况下,靶向测序序列长度在5-20 kb的特定区域,并获得较高覆盖度(>100x)。
  • 希望借助多个靶向位点(不超过100个),通过单次测序即获得长且连续的感兴趣区域(ROI)的序列信息*
  • 备有1-10 µg 高质量基因组DNA
  • 希望探究甲基化模式或其它修饰碱基。
  • 目标基因具有高度重复性,或希望评估序列重复次数,但希望避免因使用传统扩增方法或合成测序法而带来的潜在偏倚。
  • 希望在单次测序中,为不适合长距离PCR扩增的目标长基因测序(>30 kb)。

* 请注意: 此种针对感兴趣区域的文库制备方式称为“叠瓦式”。

请注意:使用本试剂盒,您需要购买额外的第三方试剂:详情请见“第三方材料”板块。

请注意:Cas9测序试剂盒仅兼容R9.4.1测序芯片(FLO-MIN106D 或 FLO-MINSP6)。

Cas9测序试剂盒的特点:

特征详情
制备时间110 分钟
起始材料要求1–10 µg 双链 DNA (建议5 µg)
是否需要PCR不需要
片段化无需要
读长等于片段长度
产出序列片段类型1D
常规通量★☆☆
相关实验指南Cas9 测序试剂盒 (SQK-CS9109)
相关分析工具EPI2ME Labs中的Cas9靶向测序教程
多样本测序选项请联系技术支持
包装大小6次反应
稳定性运输温度 2–8℃

长期存储温度 -20℃

Oxford Nanopore Technologies规定产品质保期为交付之日起三个月内。

更多信息:

SQK-CS9109 试剂盒操作简便价格经济,且依托Cas9 靶向测序快速灵活的优势,无需扩增即可针对感兴趣区域进行测序。

当感兴趣区域长度在5-20kb之间时,使用CRISPR/Cas 系统在区域两端各切割两次所得覆盖度最高。如仅具备感兴趣区域一端的序列信息,您可考虑单次切割已知序列端,而后测序。

如您希望对长度超过20kb的区域进行靶向测序,我们建议您采用叠瓦式方法测序或/并确保起始DNA材料尽可能完整。如不具备完整的起始 gDNA,则测序区域跨度无法加长。

我们强烈建议您在实验初期使用多个探针并建立与实验材料及目标相匹配的实验方法。您可在 使用CRISPR/Cas 系统进行靶向、免扩增 DNA 测序 一文中查阅更详细的建议。

许可:

Oxford - Broad

Oxford - Caribou

运输和物流:

测序芯片和试剂盒运输条件:2–8°C。

收到后,请按照试剂盒上的说明妥善储存产品。

不同地区的发货时间如下:

地区发货时间
美国、欧盟周一至周四
加拿大、挪威、韩国和日本加急形式,周一至周三
澳大利亚、新西兰周五
其它产品于周一发货,以留有整周的运输时间

Workflow

Cas9测序试剂盒提供了一种从基因组DNA样本中富集感兴趣区域(ROI)的方法。样本DNA经过纯化后,5’端去磷酸化以降低测序接头与非目标序列非特异性连接的可能。接着向基因组DNA中加入结合有CrRNA及tracrRNA的Cas9核糖核蛋白复合物(RNPs)。RNPs结合双链DNA上的感兴趣区域(ROI),并由Cas9进行切割,切口为平末端。然后为样本中所有DNA的3’端添加dA尾,以便平末端与测序接头相连。测序接头主要连接经Cas9切割且3’端带dA尾并5’端被磷酸化的DNA片段。使用AMPure XP磁珠纯化上述样本以去除多余接头,再使用测序缓冲液重悬(此步骤无法去除非目标分子)。将所得文库上样至芯片测序。

Chinese CS9109 Workflow

Protocols

Cas9测序试剂盒(SQK-CS9109)

请注册纳米孔社区账户,以获取上述实验指南。

What's in the box

Cas9测序试剂盒可供制备六次文库。

Chinese CS9109 Kit Content

名称缩写管盖颜色管数每管溶液体积 (μl)
测序接头AMX绿色240
连接缓冲液LNB透明2200
洗脱缓冲液EB黑色1200
测序缓冲液SQB红色2300
长片段缓冲液LFB橙色21800
短片段缓冲液SFB灰色21800
上样颗粒LB粉色1360
测序系绳SQT紫色110
磷酸酶PHOS棕色管身,黄色标签150
TAQ 聚合酶TAQ棕色管身,绿色标签115
SPRI磁珠稀释缓冲液SDB棕色管身,红色标签11200
T4 DNA 连接酶LIG棕色管身,蓝色标签1140
脱氧腺苷三磷酸dATP棕色管身,灰色标签115
反应缓冲液RB棕色管身,橙色标签1180

测序芯片预处理试剂盒将一并供应。

Chinese FLP002 Content

名称缩写管盖颜色管数溶液体积 (μl)
冲洗缓冲液FB蓝色61.17 ml
冲洗系绳FLT紫色1200 µl

3rd party materials

耗材

  • 化脓链球菌 Cas9 Alt-R™ crRNAs(浓度为100 µM,重悬于pH 7.5的TE缓冲液)
  • 重悬于pH 7.5的TE缓冲液且浓度为100 µM的化脓链球菌 Cas9 tracrRNA (如,IDT Alt-R™,目录号 1072532、1072533 或 1072534)
  • Alt-R® 化脓链球菌高保真 Cas9 核酸酶 V3,100 µg 或 500 µg(IDT, 目录号1081060 或 1081061)
  • 无核酸酶的双链体缓冲液(IDT 目录号11-01-03-01)
  • 1.5ml Eppendorf DNA LoBind离心管
  • 0.2 ml薄壁PCR管
  • 无核酸酶水(如ThermoFisher,目录号AM9937)
  • Agencourt AMPure XP磁珠

器材

  • 迷你离心机
  • 磁力架
  • 涡旋混匀仪
  • 热循环仪
  • P1000移液枪和枪头
  • P200移液枪和枪头
  • P100移液枪和枪头
  • P20移液枪和枪头
  • P10移液枪和枪头
  • P2移液枪和枪头
  • 盛有冰的冰桶
  • 计时器

可选器材

  • Agilent生物分析仪(或等效仪器)
  • Qubit荧光计(或用于质控检测的等效仪器)
  • Eppendorf 5424 离心机(或等效器材)

Compatibility

Cas9测序试剂盒可与以下产品联用:

试剂盒

  • 测序芯片清洗试剂盒(EXP-WSH004)

测序芯片

  • FLO-MINSP6
  • FLO-MIN106D

测序仪

  • MinION Mk1B
  • MinION Mk1C
  • GridION